JSON

Genome sc|0003171

Name

“Neorhizobium tunisiensis”

Database

NCBI Assembly

Accession

GCA_039631515.1

Genomics

Accession
NCBI Assembly:GCA_039631515.1
Type
Isolate Genome
Estimated Quality Metrics
  • Completeness: 100.0%
  • Contamination: 0.67%
  • Quality: 96.65
Ribosomal and transfer RNA genes
  • 6 16S rRNAs (up to 1469.0%)
  • 6 23S rRNAs (up to 2800.0%)
  • tRNAs for 20 amino acids
Sequencing depth
120.0 ×
Source
Other features
  • G+C Content: 61.5%
  • Coding Density: 88.54%
  • Codon Table: 11
  • N50: 445,394 bp
  • Contigs: 19
  • Largest Contig: 1,765,337 bp
  • Assembly Length: 5,923,718 bp
  • Ambiguous Assembly Fraction: 0.0%
Submitter comments
Le programme GeneMarkS a été utilisé pour récupérer le gène codant associé.                                                                                              
Les séquences répétitives intercalées ont été prédites à l'aide du RepeatMasker.                                                                                              
Les répétitions en tandem ont été analysées par le TRF (Tandem                                                                                              
répétitions finder).                                                                                              
Les gènes d'ARN de transfert (ARNt) ont été prédits par le tRNAscan-SE. Les gènes d'ARN ribosomique (ARNr) ont été analysés par le rRNAmmer. Les petits ARN nucléaires (ARNsn) ont été prédits par BLAST par rapport à la base de données Rfam.
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Complete
Last modified 9 days ago

Sample Metadata

BioSample entries
Date
Collection Date: 2021-10-12
Location
Geographic Location Latitude: 55.95206
Geographic Location Longitude: -3.19648
Toponym
Geo Loc Name: United Kingdom
Environment
Env Broad Scale: digestive system (ENVO:0001007)
Env Medium: chyme material (ENVO:02000026)
Local Environmental Context: intestine (ENVO:0000160)
Other
Not detected
Package
Ncbi Package: Generic.1.0
Ena Checklist: ERC000013
All retrieved samples
Metadata retrieved 9 days ago

Sequencing Experiments

Illumina MiSeq paired end sequencing


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