Candidatus Liberibacter asiaticus (CLas) se ha dispersado rápidamente a las regiones productoras de cítricos en México, ocasionando impactos económicos y sociales diferenciados. En México, los principales avances en investigación se han centrado en el manejo del vector, Diaphorina citri y en estudios de la interacción de CLas con limón mexicano. Sin embargo, la variabilidad genética de la bacteria en regiones productoras de México se ha estudiado poco. Por lo que, en el presente estudio se analizó la variación de la población mexicana de CLas con procedimientos basados en PCR, secuenciación y electroforesis capilar a través de la detección del número de repeticiones en tándem (TRN) con dos marcadores STR, AGACACA y TACAGAA, el primero localizado en locus genómicos CLIBASIA_01645 y adenosina deaminasas. La distribución de los TRNs en la población mexicana de CLas en ambos loci mostraron variaciones con las poblaciones previamente reportadas en Florida, China y Brasil. Además, en la población mexicana se encontraron tres haplotipos, HA, HB y HC, siendo el primer reporte del haplotipo HC en las regiones citrícolas en México. Interesantemente, las subpoblaciones de CLas del Occidente y Noroeste son diferentes a la del Sureste.