El cultivo de chile en el norte centro de México es dañado por la infección causada por Candidatus Phytoplasma trifolii. Los síntomas de la enfermedad incluyen clorosis, deformación foliar, enanismo y sobredesarrollo floral (yema grande) con necrosis de pistilo y anteras. La distribución de yemas grandes en la planta es irregular. Ello sugiere que el patógeno o sus efectores se moverían irregularmente dentro de la planta. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue determinar la presencia de Candidatus Phytoplasma trifolii en diferentes órganos de plantas de chile con síntomas de yema grande. Plantas enfermas de chile tipo Mirasol fueron recolectadas en una parcela comercial en Zacatecas, México, y sus raíces, tallos, hojas, frutos y yemas grandes fueron analizadas por PCR universal y anidada para detectar la presencia del fitoplasma. El patógeno fue detectado en cinco de ocho plantas analizadas, en por lo menos un órgano de cada planta; sin embargo, su distribución dentro de las plantas fue irregular. El porcentaje de detección fue 33.3, 62.5, 70, 80 y 100 % en raíces, hojas, tallos, frutos y yemas grandes, respectivamente. En frutos de plantas de chile sintomáticas a yema grande, el fitoplasma fue detectado en el pedúnculo, placenta y semillas.