El “permanente del tomate”, “manchado del tubérculo” o “zebra chip” en papa y “brotes cloróticos” del chile, son tres enfermedades descritas en México con signos coincidentes de aborto de flor, oscurecimiento de tejido vascular en la base del tallo y raíz de las plantas. Se ha mencionado la asociación entre estas enfermedades y la bacteria emergente Candidatus Liberibacter solanacearum (CLs) así como al psílido Bactericera cockerelli como su vector. Estas enfermedades, que en inicio se localizaban en tres estados de México se han diseminado a las principales regiones productoras de solanáceas, tanto en condiciones de campo como en invernadero. El objetivo del estudio fue conocer la presencia de CLs asociado a enfermedades que afectan los cultivos de tomate, para y chile en México. La bacteria se identificó por PCR del gen 16S de ADNr, clonación y secuenciación. La alineación de secuencias nucleotídicas se realizó con el método Clustal W y el árbol filogenético se construyó con el algoritmo de Neighbor-Joining a partir de distancias calculadas con el método de Tajima-Nei y un índice de Felsenstein de 1 000 réplicas, utilizando el software MEGA versión 5.05. En total se analizaron 167 muestras, de las cuales 86 resultaron positivas, provenientes de 14 estados de México. Se obtuvieron cinco secuencias nucleotídicas de Guanajuato, San Luis Potosí y Sinaloa correspondientes al tomate, papa y chile, adultos y huevecillos de B. cockerelli. El análisis de las secuencias mostró una identidad de 99.4% al comparase entre estas y hasta 99.8% con accesiones del GenBank descritas para CLs en EUA, Nueva Zelanda y Canadá.